극심한 환경오염으로 인해 황폐해진 30년 후의 미래 세계. 그리고 메카니멀을 악용하려 하는 데미안과 그에 맞서 메카니멀을 지키려 하는 류. 두 소년은 우연히 나찬과 그의 친구들이 있는 30년 전의 과거 세계로 오게 되고, 류는 데미안의 음모로 인해 그와 한 편이 되어 나찬과 대결한다. 미래 테이머들에 맞서 메카니멀 배틀에 다시 뛰어들게 된 나찬과 친구들! 이들은 다시 시작된 운명적인 배틀을 통해 미래를 바꿀 수 있을 것인가? 메카니멀 배틀은 아직 끝나지 않았다! 자, 힘차게 외쳐라! "메카니멀... 고!"