데미안과 격전을 치른 후, 찬과 친구들은 평화로운 시간을 보내고 메카니멀들고 테이밍이 해제된 상태에서 자 유를 만끽한다. 그러던 어느 날 이들 앞에 정체를 알 수 없는 세 명의 테이머들과 지금껏 한 번도 보지 못한 형 태의 메카니멀들이 나타난다. 세 아이들은 천재 과학자 닥터X의 명령에 따라 세계 정복을 목표로 메카니멀 을 모으는데... 새로운 적의 등장에 긴장하며 그들의 무시무시한 계획을 막기 위해 메카니멀드을 다시 테이밍 하는 찬과 친구들. 과연 찬은 친구들과 함께 새로운 적들로부터 메카니멀을 무사히 지킬 수 있을 것인가? 자, 다시 한 번 외쳐보자! "메카니멀~고!"