몸 안에 잠들어 있는 닌자의 힘을 더욱 강력하게 끌어내 주는 닌자 껌에 대한 연구 개발을 극비로 진행하던 WNA의 연구원인 버튼, 베레카, 론! 3명은 계속 실패뿐이었다. 실험을 시작한 지 3년이 흐르고, 드디어 닌자 껌 개발에 성공! 하지만 론의 배신과 이 껌의 가장 큰 부작용으로 버튼과 베레카는 아이가 된다. 이들은 닌자의 힘을 모른 채 살아온 반, 캇페이, 루시, 에마와 함께 세계닌자협회 아카데미에 입소해 닌자 껌에 대 한 의혹을 파헤친다. 최강의 힘을 가진 닌자를 찾기 위해 닌자 껌을 사용한 익스트림 닌자 경연 대회 닌자라가 개최된다. 하지만 그 뒤에서는 닌자 껌을 둘러싼 사건과 음모, 미지의 생명체가 나타나는데…