6500만 년 전, 공룡이 지배하던 지구. 최고 권력자 자리를 두고 흑룡과 적룡이 힘겨루기 하던 어느 날, 외계세 력이 공룡들을 병기화하기 위해 공룡들 몸에 에너지 결정체인 이터널코어를 심어 포획해간다. 우주선에 실려 가던 중, 반항하던 적룡 만이 유일하게 이터널 코어가 몸에 박힌 채 지구에 떨어져 빙하에 갇히고, 지구에서 공 룡은 멸종된다. 공룡들을 납치해 간 외계세력은 더 큰 힘을 얻기 위해 공룡들 몸을 지속적으로 기계화 시키는 데, 완전한 기계체가 된 공룡들은 반란을 일으켜 제국의 주인이 된다. 그렇게 최고 자리에 오른 흑룡은 기계공 룡군단을 이끌며 행성 식민지를 확대해간다. 그러던 중, 지구에서 공룡복제에 성공했단 소식이 전해지자, 인간 을 말살한 후 지구에서 공룡을 대량 번식해 병기로 삼으려는 계획을 세운다. 하지만 이 계획은 레시아스가 이 끄는 반군세력에 의해 저지 당한다. 그 과정에서 기계공룡군단의 우주선에 있던 이터널코어가 산산 이 부서져 지구에 흩어지고, 파편 하나가 아가 진 의 심장 부근에 박혀버린다. 그로부터 13년 후…